Русская община в Сан-Диего берет начало с окончания Гражданской войны на российском Дальнем Востоке. Уходя из Владивостока в 1920 г., военные из Американского экспедиционного корпуса (American Expeditionary Force Siberia) забирали с собой и русских беженцев. Несмотря на короткий срок пребывания в России, некоторые американцы взяли в жены  русских девушек. По свидетельству очевидцев, в начале 1930-х годов русская община в Сан-Диего составила около 40 человек, но среди них было около 300 россиянок — жен американских военных. 

Первым делом община в Сан-Диего озаботилась строительством православного храма во имя Казанской иконы Божией Матери (Our Lady of Kazan Partiarchal Orthodox Church), который находился под юрисдикцией Московской Патриархии. Этот приход основал отец Петр Котляров (26 июня 1896 – 17 ноября.1962, Сан-Матео, Калифорния). В сан дьякона его рукоположили еще в 1915 г. во Владивостоке (домовая архиерейская церковь на Седанке). С 1920 г. по 1925 г. он служил священником в Харбине. Эмигрировав в США, Котляров вначале стал священником в Свято-Спиридоновском храме в Сиэтле. 

В 1939 г. он рассказывал сан-францисской газете «Новая заря»: «Колония живет дружно, проявляет большой интерес к нашему храму. В воскресенье за богослужением бывает свыше 50 человек. Служу я один. Организован у нас хор любителей, достигающий иногда  15 человек. Проживаю я в Сан-Диего с матушкой и дочерью. Прекрасно мы встретили и провели праздник Св. Пасхи. У пасхальной заутрени было до 200 молящихся, причем многие русские жены военных и моряков присутствовали со своими американскими мужьями. Церковь наша весьма благолепна и вмещает до 350 молящихся». В те годы вся общественная жизнь русского Сан-Диего велась вокруг православной церкви: оказывалась благотворительная помощь неимущим, торжественно праздновались все праздники, проходили лекции и концерты. В 1941 г. прихожане церкви во имя Казанской Божией матери торжественно отпраздновали 30-летие служения отца Котлярова. 

В 1940 г. возникла идея открыть в Сан-Диего приход Северо-Американской митрополии. По предложению митрополита Феофила ее организатором стал о. Макарий Баранов (1 февр. 1888, Орловская губ. – 11 марта 1969, Калистога, Калифорния). Это был замечательный священник, проживший непростую жизнь. В 1901 г. он окончил реальное училище, а через четыре года стал офицером. В звании капитана Баранов служил в Амурской области и в Хабаровске, участвовал в экспедиции знаменитого путешественника Владимира Клавдиевича Арсеньева – будущего автора книги «Дерсу Узала». Макарий Андреевич воевал в Первую мировую и Гражданскую (офицер 39-го Сибирского стрелкового полка). Полковник Баранов являлся и сотрудником Французского экспедиционного корпуса, был помощником русского военного агента в Париже. Через Приморье, тепло попрощавшись с Арсеньевым, Баранов эмигрировал в США. После смерти единственного сына Макария Андреевича рукоположили в Сиэтле в сан священника. 26 октября 1940 г. отец Баранов провел первое богослужение в Сан-Диего. Так была основана Свято-Николаевская церковь (St. Nicolas Orthodox Church).

В июне 1941 г. Макария Баранова перевели на Аляску, а на его место назначили о. Александра Лисина (настоящая фамилия — Лисицын-Городецкий) (22 авг. 1875, Тула – 22 дек. 1952, Лос-Анджелес). Он окончил юридический факультет Московского университета, работал в золотопромышленных компаниях Сибири. После 1917 г. А. Лисин жил в Иркутске, во Владивостоке и в Шанхае. В 1923 г. он эмигрировал в США, а 30 декабря 1934 г. его рукоположили в сан священника. 

Борьба Советской России против агрессии нацистской Германии в 1941 году вызвала подъем патриотизма среди русских американцев, были забыты многие идеологические проблемы и противоречия. При храмах стали собирать средства для Советского Союза, открылись пункты приема вещей и медикаментов для отправки на фронт. В Сан-Диего часто проходили благотворительные обеды в помощь СССР. В результате были собраны крупные средства.

В 1943 г. отца Котлярова перевели на должность настоятеля Свято-Николаевского собора в Сан-Франциско. 

В начале 1945 г. приход во имя Казанской Божией матери купил новый церковный двухэтажный дом. 6 февраля 1947 г. состоялось общее собрание прихожан, которое решило начать строительство нового храма. Старый к этому времени был продан.

14 марта 1943 г. прихожане Свято-Николаевской церкви выкупили здание, которое арендовали. Борис Левенц вспоминал: «Первый этаж был отремонтирован для проведения церковных служб, а второй этаж  — достроен для размещения приходского священника. В 1953-1954 годах прихожане разработали планы строительства нового церковного здания. Чтобы разместить собственно здание церкви, необходимо было перенести двухэтажный дом в заднюю часть участка,  дабы освободить место для новой церкви в передней части, где ранее стоял дом. Из-за нехватки средств была построена довольно скромная церковь, поскольку приходской бюджет не мог покрыть расходы на более сложную планировку храма и этажей, как многие надеялись. Планы строительства были одобрены епископом Сан-Францисским Иоанном (Шаховским), а краеугольный камень был благословлен митрополитом Леонтием».

Постройка и освящение нового храма состоялись в начале 1958 г. Отец Лисин вспоминал: «Приход у нас невелик. Нет многого. Отсутствует хор – нет певцов. Просим Господа, чтобы Он смилостивился и послал двух певцов, одного баса и одного тенора. Нет детей и потому пока нет школы». После окончания войны был период, когда деятельность прихожан резко увеличилась, но затем наступил спад.

Протоиерей Макарий Баранов прослужил 25 лет на о. Св. Павла (о-ва Прибылова) на Аляске и на короткое время вернулся в Сан-Диего. В 1965 г. Свято-Николаевский торжественно отметил свое 25-летие. Отец Макарий Баранов писал: «У клиросов и на стенах храма —  богатые дарственные или заказные иконы разных размеров, великолепный резного ценного дерева со столбиками иконостас с резными царскими вратами, дар бывшего старосты Н. и его супруги. В него вставлены еще старые образа, что были написаны четверть века тому назад в Сан-Франциско опытной в иконописи художницей, окончившей императорскую академию по классу фарфора. Предполагается эти иконы подновить и разместить в том же храме, а для нового резного иконостаса заказать другие. Храм большой, светлый звучный и просторный с хорами для певчих. Все чисто прибрано и приготовлено для завтрашнего торжественного богослужения, а сейчас о. Александром Пиза, бывшим третьим настоятелем прихода, совершается панихида по почившем рабе божьем Константине, бывшем соучастнике строительства этого храма».

В Сан-Диего также открылась церковь во имя Святого Праведного Иоанна Кронштадтского —  St. John of Kronstadt Church (Русская православная церковь за границей), которая была освящена Антонием, архиепископом Лос-Анджелесским и Южно-Калифорнийским. Из истории прихода: «Инженер-мостостроитель И. Р. Финенко, супруги Обручевы, князь Борис Волконский вместе с Борисом Адриановичем Залесским, Георгием Нордманом и иноком Сергiем (Корником) решили приобрести нынешнее здание церкви. Собранных денег не хватало, поэтому пришлось брать заем в банке. В качестве гарантии под заем И. Р. Финенко дал свой собственный дом. Приобретенное здание было в очень плохом состоянии. При участии П. М. Валова, И. Р. Финенко и Венедикта Рачеева оно было отремонтировано и существенно перестроено. Е. Т. Скарборо пожертвовала $4,000 на ремонт крыши. Новая церковь была освящена в октябре 1969 года. В 2001 году в ней был произведен капитальный ремонт, расширено внутреннее пространство и алтарь».

Автор благодарит за помощь заместителя председателя Музея русской культуры в Сан-Франциско Ива Франкьена.